Skedhults kända historia går tillbaka till 1300-talet med Nils Gädda som förste ägare.Genom giftermål mellan Nils Gäddas sondotter och Arvid Trolle kom gården i Trollesläktens ägo. År 1538 ingick äktenskap mellan Eric Trolles dotter Beata och riksrådet och riksmarskalken Gabriel Kristiernsson Oxenstierna och gården kom i Oxenstiernska släktens ägo ända fram till 1600-talets slut. Den äldsta byggnaden på Skedhult benämns fortfarande Oxenstiernska huset och utnyttjas nu för övernattningar.
Flera under 1700- och 1800-talet kända personer har varit ägare till gården. Bland andra järnvägsbyggaren Georg Goslett som slutförde arbetet med byggandet av Nässjö-Oskarshamns järnväg. Under denna tid - 1870-talet - uppfördes nuvarande huvudbyggnad.

År 1957 köptes Skedhult av Hushållningssällskapet som utnyttjade gården som kurs- och försöksgård fram till den förvärvades av Eksjö stad år 1966.
I början av 1970-talet upphörde jordbruket på Skedhult och golfbanor anlades på huvuddelen av den tidigare brukade jorden. Sedan 1973 har Jönköpings läns Jaktvårdsförening numera Jägareförbundets Jönköpings län utnyttjat huvudbyggnaden som kontor och för kursverksamhet. Skogsmarken och återstående åkermark disponeras för viltvård, utbildning hundkurser inom eftersök och dressyr. Skedhult nyttjas dessutom till flera hundutställningar varje år. På Skedhult sitter personal som arbetar inom Svenska Jägareförbundet Syd.