Knubbsälen är ett säldjur. Säldjuren är väl anpassade till ett liv i havet. Det gäller såväl den spolformade kroppsformen, med det ordentliga späcklagret, som en rad fysiologiska anpassningar. De kan exempelvis stänga av stora delar av blodflödet när de dyker för att hushålla med blodets syre.
Knubbsälen kan bli upp till 1,9 meter lång och väga upp till 170 kg. Hanen är något större än honan. Knubbsälens grundfärg varierar från ljusgrå till brungrå med spräckliga mönster. Till skillnad från den större gråsälen har knubbsälens huvud en konkav profil med väl markerad panna och nos, medan gråsälen har en rak eller konvext välvd profil.
Till skillnad från de andra sälarna i svenska vatten föder knubbsälen sin kut på sommaren, oftast i mitten av juni, och kuten föds utan kutpäls (en särskild päls som isolerar mot kall vinterluft men inte mot vatten). Knubbsälskuten kan därför gå i vattnet och börja simma redan några minuter efter födseln. Under digivningen ökar kuten i vikt från omkring 9 kg vid födseln till 25-30 kg vid avvänjningen 3-4 veckor senare.
Knubbsälens diet varierar mellan områden. Den består till stor del av fisk som fångas i vegetationsfria, grunda och mjuka havsbottnar, men även av kräftdjur och musslor. I Sverige är olika sorters plattfisk och sill vanlig föda, men den äter också bland annat skarpsill, torsk och tobis.